Si has llegado a este artículo, no es necesario que te haga una introducción sobre las diferencias entre MyISAM e InnoDB.
Quieres cambiar todas las tablas a InnoDB, y así se hace:

SET @DATABASE_NAME = 'nombreDeTuBaseDeDatos';

SELECT CONCAT('ALTER TABLE `', TABLE_NAME, '` ENGINE=InnoDB;') AS sentenciasSQL
FROM information_schema.tables AS tb
WHERE table_schema = @DATABASE_NAME
  AND `ENGINE` = 'MyISAM'
  AND `TABLE_TYPE` = 'BASE TABLE'
ORDER BY TABLE_NAME DESC;